Saint-Germain-lès-Arlay fut construit au pied d’un prieuré, qui se situait dans le haut de l'actuelle grande rue, et qui devint ensuite un relais de poste. Jusqu’au XVème siècle, le village dépendait de la baronnie d’Arlay.
L’église date de 1767. La cloche, baptisée Marie-Claudine, fut mise en place en 1776. Elle a été cassée en 1816 et refondue à deux reprises. La petite cloche actuelle qui remplace Marie-Claudine date de 1873. L’église a subi des restaurations en 1819 et 1889. À l’intérieur, un très beau confessionnal du XVIIIème et un tableau de St-Germain, placé au-dessus de la grande porte du fond.
La rive droite de la Seille abrite les vestiges de l’ancien château de Tortelet.
L’Hostellerie Saint-Germain, devant l’église, date du XIXème ; elle a été construite sur les vestiges de l’ancienne église du XIIème siècle. A l'entrée du chemin de la Frétinée, on peut remarquer un château d'eau en pierre, construit dans la première partie du XXème siècle.
Les cartes postales anciennes montrent que, depuis le début du XXème siècle, le centre du village n'a guère changé !
Le village de Saint-Germain-lès-Arlay est verdoyant et fleuri ; des terrains de jeux sont aménagés. En se promenant dans les rues, on peut découvrir de belles maisons restaurées, alternant avec de grands espaces verts.
De 1960 à 2000, la population a doublé : elle est passée de 250 à 500 habitants. Pourtant, il ne reste plus qu'un commerce de proximité, le bar-épicerie-dépôt de pain-relais poste "Sur la place". Sur la zone d'activité, quelques entreprises et des artisans animent la vie économique : on en trouvera la liste dans la rubrique "la vie économique