St-VINCENT patron des vignerons est représentée par une belle œuvre en bois doré du XVIIIème, les jurassiens lui préféraient souvent St-VERNIER.
Vient ensuite un chef-d’œuvre de finesse : St LOUIS, le gantelet à la main. Ce roi plein de noblesse, vint à BESANCON pour arrêter la guerre entre Jean de CHALON dit Jean l’Antique et son fils Hugues. Il porte la dalmatique ornée de fleurs de lys. Nous devons à Jean de LOUHANS le merveilleux groupe de l’annonciation : la Vierge agenouillée sur un prie-Dieu montre sa surprise à l’Ange GABRIEL.
Les inscriptions funéraires placées contre le mur révèlent les noms de PONCE d’ARLAY, fondateur de l’hôpital d’ARLAY en 1327, et de deux notaires : Etienne et Jean TORTELET. Les prêtres originaires de la paroisse célébraient parfois plus de 10 offices par jour ; ils étaient une douzaine en 1525.
Se diriger vers le côté gauche ; une Vierge déhanchée du XVIIIème siècle porte l’enfant de Jésus, elle se trouvait à l’emplacement de l’actuel château. Nous retrouvons ensuite les statuettes de la Renaissance avec St-CLAUDE, archevêque qui se fit moine au VIIème siècle. Il protégeait la vigne de la grêle. Plus loin, St-DENIS décapité au IIIème siècle porte une chasuble ornée de fleurs, son socle porte l’écusson des LANTENNE, famille d’ARLAY. On l’invoquait pour guérir les maux de tête.
Passer devant St-BONNAVENTURE, légat du pape (1273) et arriver à St-Etienne : il tient la palme des martyrs et a donné son nom à une monnaie au XVème siècle : la livre estévenante. Suivant ensuite, deux statues en bois peintes en deux couleurs : un St-CLAUDE et un St- PIERRE.
L’église possède une belle chaire du XVIIIème s’ornant des quatre évangélistes. Ses deux autels du Rosaire et du Sacré Cœur remontent sans doute au même siècle.Noter l’originale mise au tombeau. Dans le chœur, les deux vitraux montrant St-CLAUDE et St-VINCENT (1852) éclairent un grand tableau, œuvre de mademoiselle VAULCHIER, vieille famille d’ARLAY (1820). Le sol de la nef est dallé des pierres tombales de notabilités désireuses de profiter des prières des fidèles ; beaucoup proviennent de St-VINCENT. Enfin, au pied de l’autel du Rosaire, se cache l’épitaphe du bienfaiteur de cette église : le Curé BAILLY.
L’autel en marbre de Carrare datant de 1880/1881 a été offert par madame VANNIER, épouse du Docteur VANNIER, médecin très réputé à ARLAY de 1830 à 1881. Afin de la remercier de sa générosité, le nom de madame VANNIER Françoise Adélaïde à été inscrit en latin en bas à droite de l’autel.